De tematiska avdelningarna fokuserar på ett specifikt ämnesområde som ingår i begreppet förorenade områden. Syftet är att främja utvecklingen inom det specifika området och att skapa kontaktytor mellan de delar av branschen som är berörda av problematiken. I dagsläget finns två tematiska avdelningar, Förorenade byggnader och Förorenade sediment.